对于设施农用地在二次调查（二调）中是耕地，而在三次调查（三调）中变为建设用地的情况，应依据相关法律法规和实际情况进行具体分析和处置。

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国土地管理法》第四十四条：建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。这表明，农用地转为建设用地需要经过法定的审批程序。

二. 处置建议

1. 核实土地性质和用途：

   • 首先，需要核实该地块在二次调查和三次调查中的具体土地性质和用途，确保信息的准确性。
   • 如果确实存在从耕地变为建设用地的情况，应进一步了解这一变化的原因和背景。

2. 依法办理审批手续：

   • 如果该地块已经实际用于建设，且符合土地利用总体规划和城市建设规划，应尽快依法办理农用地转用审批手续。
   • 这包括向相关部门提交申请，提供必要的材料，并按照规定的程序进行审批。

3. 考虑历史遗留问题：

   • 如果这一变化是由于历史遗留问题或政策调整导致的，应积极与相关部门沟通，寻求合理的解决方案。
   • 可能需要依据相关政策或法规，对历史问题进行妥善处理，以确保土地的合法使用。

4. 遵守法律法规：

   • 在整个处置过程中，应严格遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保所有操作都合法合规。

三. 注意事项

• 在处理此类问题时，应充分考虑土地的实际使用情况和未来发展规划，确保处置方案的合理性和可行性。
• 如果涉及复杂的法律或政策问题，建议咨询相关部门或专业机构以获取更准确的指导和帮助。

我建议您根据上述建议，结合实际情况，依法依规进行处置。如有进一步需要，您可以继续咨询我。