针对您提出的“二调是一般耕地三调是建设用地是否可以批设施农用地”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确土地调查的性质和目的。土地调查，包括二调和三调，主要是为了全面查清土地资源和利用状况，掌握真实准确的土地基础数据。这些调查是基于现状进行的，即调查时土地上实际种植什么或建设什么，就相应地调查为耕地、林地或建设用地等。
接下来，我们分析您提到的具体情况：二调时土地为一般耕地，而三调时变为建设用地。这反映了土地利用状况的变化。根据自然资源部的相关规定，管理和执法中对地类的认定，不能简单套合“三调”及以来年度变更调查数据库，而要考虑实际情况和合理性、合法性，实事求是认定地类。
对于设施农用地的审批，关键在于土地利用的合法性和规划符合性。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，乡镇企业、乡（镇）村公共设施、公益事业等乡（镇）村建设，应当符合乡（镇）土地利用总体规划（国土空间规划出台后，依据国土空间规划），并依照相关法律规定办理审批手续。
针对您的情况，如果三调显示为建设用地，但您希望用于设施农用地，需要综合考虑以下几点：
地类来源的合法性：需要追溯该建设用地的来源，确认其是否有合法手续。如果无合法来源，可能需要按照建设占用时的国土变更调查的实际地类报批，若原地类为耕地，则应依法落实耕地占补平衡。
规划符合性：设施农用地的建设必须符合乡（镇）土地利用总体规划或国土空间规划。如果规划中该地块被划定为建设用地，但您希望用于农业设施，可能需要调整规划或寻找其他符合规划的地块。
审批手续：无论地块现状如何，建设设施农用地都需要依法办理审批手续。这包括向相关部门提交申请、提供必要的材料和证明文件等。
实地调查与举证：如果认为三调结果与实地现状不符或存在调查不实问题，可以通过举证予以纠正。这需要提供充分的证据来证明实地现状与三调结果不一致，并申请更新或纠正调查成果。
综上所述，虽然三调显示为建设用地，但并不意味着不能用于设施农用地。关键在于确认地类来源的合法性、符合规划要求，并依法办理审批手续。如果存在调查不实问题，也可以通过举证予以纠正。建议您咨询当地自然资源部门或相关法律专业人士，以获取更具体和针对性的指导。