针对您提出的“一调农田，二调建设用地是否违法”的问题，这需要结合土地调查的具体情况以及相关法律法规来综合分析。
首先，我们要明确的是，土地调查（包括一调、二调、三调等）是对土地利用现状、权属状况等进行的全面调查，其结果反映了某一时间点的土地利用情况。而土地的合法性，则主要取决于其是否符合土地利用总体规划、是否经过合法审批等。
对于“一调为农田，二调为建设用地”的情况：
如果二调时该地块已经依法办理了农用地转用审批手续，并符合土地利用总体规划：
如果二调时该地块未经合法审批，擅自将农田转变为建设用地：
- 这种行为则属于违法用地，违反了《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。对于这种违法用地，相关部门会依法进行处罚，并要求恢复土地原状或补办用地手续。
进一步分析二调建设用地的合法性：
- 根据您提供的参考信息，二调时被调查为建设用地，但无合法来源的情况，实际上属于长期以来形成的违法用地或历史遗留问题。
- 对于这类问题，政策导向并非“一刀切”地全部认定为违法并要求拆除，而是根据具体情况进行分类处置。例如，在集体经营性建设用地入市试点地区、超大特大城市以及城区人口300万以上的城中村改造项目中，对于二调和三调均认定为建设用地的地块，在符合规划用途的前提下，允许按建设用地办理土地征收等手续。
- 同时，对于历史遗留的无合法来源建设用地，也允许在处理（处罚）后补办用地手续，以合法化其土地利用状态。
针对新增农村乱占耕地建房问题的特别说明：
- 如果房屋是在2020年7月3日以后建设的，且未经依法依规变更用途，即使二调为耕地、三调为建设用地，也可能被认定为新增农村乱占耕地建房问题。
- 对于这类问题，相关部门会依据现行法律法规规定及时消除违法状态，如依法完善用地手续，而不是都一概要求拆除复耕。
总结建议：
- 对于“一调为农田，二调为建设用地”的地块，其合法性取决于是否依法办理了农用地转用审批手续并符合土地利用总体规划。
- 如果存在违法用地情况，建议尽快与相关部门沟通，了解具体处罚措施和补办用地手续的可能性。
- 在未来的土地利用中，应严格遵守相关法律法规，确保土地利用的合法性和合规性。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。