针对您提出的“一个老板两个厂员工赔偿怎么赔偿”的问题，这实际上涉及多个法律层面和具体情境，我会结合相关法律法规和常见实践，为您详细解答。
一、核心法律依据
首先，我们需要明确的是，员工赔偿问题主要依据《中华人民共和国劳动合同法》以及《工伤保险条例》等相关法律法规。这些法规规定了员工在工伤、劳动合同解除或终止等情况下的赔偿标准和程序。
二、赔偿情境分析
工伤赔偿：
- 如果员工在其中一个工厂发生工伤，那么赔偿将依据《工伤保险条例》进行。这包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金等。
- 若员工在两个不同工厂均发生工伤，每次工伤都需单独申请认定，并分别进行劳动能力鉴定和赔偿计算。赔偿时，需考虑每次工伤的独立性和关联性，如后次伤害是否与前次存在关联（如旧伤复发）。
劳动合同解除或终止赔偿：
- 如果因为老板关闭或搬迁其中一个工厂，导致与员工的劳动合同无法继续履行，那么根据《劳动合同法》第四十条和第四十六条，老板需要支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算依据是员工在本单位的工作年限和月平均工资。每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的按一年算；不满六个月的支付半个月工资。
- 如果老板未提前30日书面通知解除合同，还需额外支付一个月工资作为代通知金。
跨厂调整工作地点的赔偿：
- 如果老板将员工从一个工厂调整到另一个工厂工作，且新地点与原地点在同一城市且交通便利，通常视为合理调整，无需额外赔偿。
- 但如果跨市搬迁或通勤时间显著增加，员工有权拒绝并要求解除合同并索赔经济补偿金。
三、赔偿处理流程
工伤认定与劳动能力鉴定：
- 对于工伤情况，需及时申请工伤认定，并进行劳动能力鉴定，以确定伤残等级和赔偿标准。
协商与仲裁：
- 在赔偿问题上，建议首先与老板进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、特殊注意事项
- 保留证据：无论哪种情况，员工都应保留好劳动合同、工资条、工伤认定书、劳动能力鉴定结论等关键证据。
- 关注地方政策：不同地区可能对员工赔偿有细化规定或专项扶持资金，员工应关注并了解相关政策。
- 法律咨询：在复杂情况下，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。
五、典型案例参考
- 案例1：某员工在A厂发生工伤致九级伤残，后因B厂搬迁导致劳动合同无法继续履行。该员工先获得工伤赔偿，后因劳动合同解除获得经济补偿金。
- 案例2：某老板将员工从一城市工厂调整到另一城市工厂工作，因通勤时间显著增加，员工拒绝并要求解除合同并索赔经济补偿金，最终获得支持。
综上所述，一个老板两个厂员工的赔偿问题需结合具体情境和法律法规进行综合判断。在处理过程中，建议员工保留好相关证据，与老板进行协商，并在必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。