当劳动者与用人单位就工伤赔偿签订了协议，并随后将此事提交至仲裁院处理时，仲裁院会依据相关法律法规和实际情况进行公正、公平的裁决。以下是对这一处理流程的详细解释：

一、仲裁院的处理流程

1. 受理与审查：

   • 劳动者需在规定时间内向仲裁院提交工伤认定申请及相关证据，包括工伤赔偿协议。
   • 仲裁院会审查这些材料是否齐全、符合法定形式，并确认工伤事实是否成立。

2. 认定工伤与确定赔偿项目：

   • 若工伤事实成立，仲裁院会根据《工伤保险条例》等相关法律法规，确定劳动者应享有的赔偿项目，如医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴、一次性伤残就业补助金等。

3. 审查赔偿协议：

   • 仲裁院会仔细审查劳动者与用人单位签订的工伤赔偿协议，判断其是否显失公平。
   • 若协议内容违反法律法规，或免除了用人单位应支付的法定赔偿项目，导致双方权利义务不对等，仲裁院会认定该协议为无效或部分无效。

4. 裁决与调解：

   • 仲裁庭会要求用人单位提供支付工伤赔偿的相关证据。
   • 若用人单位未足额支付赔偿，仲裁庭会裁决其补足差额。
   • 在处理过程中，仲裁院会鼓励双方积极配合提供证据和参与调解，以达成和解。

5. 裁决的效力与执行：

   • 仲裁裁决具有法律效力，双方需在规定期限内履行。
   • 若对裁决不服，双方可在规定期限内提起诉讼。
   • 若用人单位拒不履行裁决，劳动者可申请法院强制执行。

二、针对工伤赔偿协议显失公平的特殊处理

• 案例分析：

  • 以张某的案例为例，张某在工作中受伤并被鉴定为劳动功能障碍九级。
  • 张某与用人单位签订了工伤赔偿协议，但协议内容免除了用人单位支付一次性伤残就业补助金、停工留薪期工资等待遇的法定义务。
  • 仲裁院认定该协议显失公平，裁决用人单位支付张某应享有的全部工伤待遇。

• 处理原则：

  • 仲裁院在处理此类案件时，会坚持公正、公平的原则，依法维护工伤员工的合法权益。
  • 对于显失公平的工伤赔偿协议，仲裁院会认定其无效或部分无效，并裁决用人单位支付劳动者应享有的全部工伤待遇。

三、建议与注意事项

• 劳动者：

  • 在签订工伤赔偿协议前，应充分了解自己的权益和应享有的赔偿项目。
  • 若对协议内容有疑问或不满，应及时咨询专业律师或向仲裁院寻求帮助。
  • 在仲裁过程中，应积极配合提供证据和参与调解。

• 用人单位：

  • 应依法与劳动者签订工伤赔偿协议，确保协议内容合法、公平。
  • 若对仲裁裁决有异议，应在规定期限内提起诉讼。
  • 应积极履行仲裁裁决或法院判决，避免承担更严重的法律责任。

综上所述，仲裁院在处理劳动者签订的工伤赔偿协议时，会依据相关法律法规和实际情况进行公正、公平的裁决，以维护工伤员工的合法权益。