当您遇到刑事起诉书被退回且认为不合理的情况时，首先需要保持冷静，并按照以下步骤来处理，以保障您的合法权益：
一、明确退回原因
格式问题：
- 检查起诉书是否符合法院规定的格式要求，如纸张规格、字体、行距等。
- 确认是否提交了必要的文件份数。
内容问题：
- 核实起诉书中是否包含所有必要的信息，如被告人、原告人基本信息，案件名称、案号、案由等是否表述准确。
- 检查起诉请求是否清晰，上诉理由是否详细阐述，并与事实和法律依据紧密结合。
- 仔细校对起诉书，修正任何文字错误、法律条文引用错误或事实陈述错误。
期限问题：
- 确认是否在法律规定的期限内提交了起诉书。
- 如有正当理由（如不可抗力）导致逾期，应及时向法院提交书面申请，说明逾期原因并提供证明，请求恢复相关期限。
其他程序性问题：
- 检查起诉书是否按要求送达或提交方式是否符合规定。
- 如有必要，与法院沟通明确正确的操作流程。
二、准备并提交申诉材料
- 根据退回原因，准备充分的证据材料和申诉状。申诉状应详细阐述申诉理由和请求，并引用相关法律条文支持主张。
三、提出申诉或抗诉
- 向作出退回决定的法院提出申诉，提交申诉状和相关证据材料。
- 若法院不受理您的申诉，您可以考虑向人民检察院提出抗诉，以维护自己的合法权益。
四、注意事项
- 在整个过程中，保持与法院和检察院的沟通，及时了解案件进展。
- 妥善保存所有相关证据材料，以备后续使用。
- 如有需要，寻求专业律师的帮助，以提高申诉成功率。律师可以为您提供专业的法律意见，帮助您更好地理解法律程序，并制定有效的申诉策略。
五、法律依据
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对被告人的上诉权（在此情境下可类比为起诉权）不得以任何借口加以剥夺。如果法院退回起诉书且您认为不合理，您有权通过申诉或抗诉等途径来维护自己的合法权益。
综上所述，当刑事起诉书被退回且您认为不合理时，应首先明确退回原因，然后准备并提交申诉材料，提出申诉或抗诉，并注意保持与法院和检察院的沟通以及妥善保存证据材料。如有需要，寻求专业律师的帮助将是一个明智的选择。