在刑事案件中，如果检察院决定撤回起诉，这通常意味着案件在法律程序上出现了某些特定情况，导致原本应继续进行的诉讼无法或不再适宜继续。针对您提出的“刑事案件撤回起诉被告人怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、撤回起诉的基本含义

撤回起诉是检察院在特定情形下，将已提起的公诉案件撤回的行为。这通常发生在检察院发现案件存在某些不符合起诉条件或继续诉讼已无必要的情况时。

二、撤回起诉的条件

根据《人民检察院刑事诉讼规则》及相关法律法规，检察院在人民法院宣告判决前，若发现存在以下情形之一，经检察长批准，可以撤回起诉：

1. 不存在犯罪事实：即经过调查，确认没有发生指控的犯罪行为。
2. 犯罪事实并非被告人所为：有新的证据表明犯罪行为系他人所为，而非当前被告人。
3. 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：犯罪行为的情节极为轻微，对社会的危害程度极低，依法不应认定为犯罪。
4. 证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的：如关键证人死亡、关键物证灭失等，导致证据无法达到确实、充分的标准。
5. 被告人因未达到刑事责任年龄，不予刑事处罚的：被告人未满法定刑事责任年龄，依法不能追究其刑事责任。
6. 法律、司法解释发生变化导致不应当追究被告人刑事责任的：法律法规或司法解释的变更使得原本应追究的责任变得不再适用。
7. 其他不应当追究被告人刑事责任的情形：如犯罪嫌疑人、被告人死亡，犯罪已过追诉时效期限，经特赦令免除刑罚，以及依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉等。

三、撤回起诉后被告人的处理

1. 获得释放：如果案件被撤回起诉，且被告人当前处于羁押状态，那么被告人通常会被立即释放。因为撤回起诉意味着案件不再继续，被告人也就不再需要被羁押以等待审判。

2. 不起诉决定：检察院在撤回起诉后，应当在三十日以内作出不起诉决定。这意味着被告人不会被提起公诉，也不会面临刑事审判和可能的刑罚。

3. 重新侦查的可能性：如果检察院认为案件需要进一步侦查以收集更多证据，它可能会将案卷材料退回公安机关，并引导公安机关重新侦查。但这种情况下，被告人已经获得了暂时的自由，且重新侦查并不意味着被告人一定会再次被起诉。

4. 法律后果的消除：撤回起诉后，被告人不再面临刑事指控，其因此案可能受到的任何法律后果（如羁押、限制出境等）都将被消除。

四、被告人的权益保障

在撤回起诉的过程中，被告人的权益应得到充分保障。这包括被告人的知情权、辩护权、申诉权等。如果被告人对撤回起诉的决定有异议，他可以通过法律途径提出申诉或寻求法律援助。

五、建议与注意事项

• 保持沟通：被告人或其家属应与检察院或律师保持密切沟通，及时了解案件进展和撤回起诉的具体原因。
• 寻求法律援助：如果被告人对法律程序不熟悉或感到困惑，建议寻求专业律师的法律援助，以确保自己的权益得到充分保障。
• 遵守法律程序：即使案件被撤回起诉，被告人也应遵守法律程序，配合相关部门的调查或工作，避免给自己带来不必要的麻烦。

综上所述，刑事案件撤回起诉后，被告人通常会获得释放，并面临不起诉的决定。在此过程中，被告人的权益应得到充分保障，且他有权通过法律途径提出申诉或寻求法律援助。