工资20000元，社保基数5000元，这种做法一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：

1. 社保基数与工资的关系：

   • 社保基数是计算社保缴费金额的基础，它通常与员工的工资收入相关联。在大多数情况下，社保基数应当不低于员工上一年度的月平均工资，也不得低于当地社保部门规定的最低缴费基数。
   • 如果员工的工资远高于社保基数，而社保基数却设定在较低水平，这可能导致员工在享受社保待遇时（如养老金、医疗保险等）受到不利影响，因为社保待遇的计算往往与缴费基数有关。

2. 法律合规性：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费。这意味着社保基数应当与职工的实际工资相匹配。
   • 如果用人单位故意降低社保基数以减少缴费金额，这种行为可能构成违法，并可能面临社保部门的处罚。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，有些用人单位可能会为了降低成本而故意降低社保基数。然而，这种做法不仅违反了法律规定，还可能对员工的长期利益造成损害。
   • 员工有权要求用人单位按照其实际工资缴纳社保费用，并可以向社保部门投诉或举报用人单位的违法行为。

4. 建议：

   • 对于员工而言，如果发现自己的社保基数与工资不符，应当及时与用人单位沟通并要求更正。
   • 如果用人单位拒绝更正或存在其他违法行为，员工可以向当地社保部门投诉或举报，并寻求法律援助以维护自己的合法权益。

综上所述，工资20000元而社保基数仅为5000元的做法一般是不合法的。如果您有类似的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。