针对您提出的“农业农村部门如何对宅基地违法行为执法”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
在宅基地违法行为的执法过程中，农业农村部门扮演着至关重要的角色。根据新修正的《土地管理法》及相关规定，县级以上人民政府农业农村主管部门是主要的执法主体，负责查处农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为。
具体执法程序如下：
责令停止违法行为： 农业农村部门在发现宅基地违法行为后，首先会依据《土地管理法》的相关规定，责令违法行为人立即停止违法行为，这是其履行监督检查权的重要体现。
作出责令限期拆除的行政处罚决定： 对于继续违法或拒不改正的行为人，农业农村部门会作出责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的行政处罚决定。这一决定旨在恢复土地的原状，保护土地资源的合理利用。
申请法院强制执行： 如果违法行为人在法定期限内既不申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行行政处罚决定，农业农村部门可以自期限届满之日起三个月内，向有管辖权的人民法院申请强制执行。在申请强制执行前，农业农村部门还需制作《履行行政处罚决定催告书》送达当事人，催告其履行义务。
此外，在执法过程中还需注意以下几点：
决定书规范性： 《行政处罚决定书》应格式规范、内容完整，包括违法事实叙述、证据材料列明、处罚告知及听证告知情况陈述等。具体处罚内容应合法，不得出现增加附加罚或遗漏“责令退还土地”等情况。
结案条件： 结案需满足一定条件，如案件已经移送、终止调查、决定不予行政处罚或行政处理、行政处罚决定或行政处理决定执行完毕等。涉及需要移送有关部门追究刑事责任、行政纪律责任的，结案前应当已经依法移送。
调查中止情形： 在调查过程中，如因不可抗力或意外事件导致案件暂时无法调查，或涉及法律适用问题需要有权机关作出解释或确认等情形，可以中止调查。但案件中止调查的情形消除后，应及时恢复调查。
同时，还需注意部门职责交叉问题。农业农村部门主要负责从占地违反土地法方面查处宅基地违法案件，而乡镇政府则可能依据《城乡规划法》从违反规划层面进行处罚。根据一事不二罚原则，只能由一家部门立案查处。
综上所述，农业农村部门在宅基地违法行为的执法过程中，需严格遵循法定程序和要求，确保执法的合法性和有效性。同时，还需与自然资源主管部门、乡镇政府等相关部门密切配合、协同作战，共同维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。