农村宅基地被非法侵权占用，一般由自然资源主管部门（部分地区为农业农村主管部门）牵头行政执法。以下从不同角度为你详细分析：

部门职责划分依据

• 自然资源主管部门：根据相关法律法规，自然资源主管部门负责土地资源的管理和监督工作，这其中就包括农村宅基地。当农村宅基地出现被非法侵权占用的情况时，自然资源主管部门有权进行调查核实，确认是否存在违法行为。例如，他们可以检查占用宅基地的行为是否经过了合法的审批程序，是否符合土地利用总体规划和村庄规划等。
• 农业农村主管部门：在一些地区，农业农村主管部门也承担着部分与农村宅基地相关的管理职责。这主要是因为农业农村主管部门在农村事务管理方面有着丰富的经验和资源，对于涉及农村土地的纠纷和违法行为，能够更好地结合农村实际情况进行处理。比如，对于一些因历史遗留问题导致的宅基地占用纠纷，农业农村主管部门可以从农村发展的角度出发，协调各方利益，寻求合理的解决方案。

不同情况下的执法主体确定

• 一般情况：在大多数地区，自然资源主管部门是农村宅基地管理的主要执法部门。如果发现有人非法占用农村宅基地，比如未经批准擅自占用宅基地建房、在宅基地上从事非农业建设等行为，自然资源主管部门会依据相关法律法规进行查处。他们可以责令违法者停止违法行为，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对于情节严重的，还可以处以罚款。
• 特殊情况：在某些地区，根据当地的政策规定和部门职能调整，农业农村主管部门可能会在农村宅基地执法中发挥主导作用。例如，一些地方为了加强农村土地的综合管理，将农村宅基地的部分执法职责划归农业农村主管部门。在这种情况下，农业农村主管部门会按照相关规定对非法占用宅基地的行为进行调查和处理。

执法流程

• 立案调查：当自然资源主管部门或农业农村主管部门接到关于农村宅基地被非法侵权占用的举报或发现相关线索后，会进行立案调查。调查人员会前往现场进行勘查，收集相关证据，如照片、视频、证人证言等，以确定是否存在非法占用宅基地的行为以及违法行为的性质和情节。
• 作出处理决定：根据调查结果，执法部门会依法作出处理决定。如果违法行为轻微，可以责令违法者限期改正；如果违法行为严重，需要拆除建筑物或其他设施的，会下达拆除决定书，并明确拆除的期限和要求。
• 执行处理决定：如果违法者在规定的期限内未履行处理决定，执法部门可以依法申请人民法院强制执行。人民法院会按照法定程序对违法建筑物或其他设施进行强制拆除，以确保农村宅基地的合法使用。

维权建议

• 收集证据：如果你发现自己的农村宅基地被非法侵权占用，首先要收集相关证据，如宅基地使用证、土地承包合同、现场照片、视频等，以证明自己对宅基地的合法使用权和对方的侵权行为。
• 向相关部门举报：将收集到的证据提交给当地的自然资源主管部门或农业农村主管部门，向他们举报非法占用宅基地的行为。在举报时，要详细说明情况，包括侵权人的基本信息、侵权行为的发生时间、地点和具体情况等。
• 寻求法律帮助：如果执法部门的处理结果不能满足你的诉求，或者你在维权过程中遇到困难，可以向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。