结论：
- 协议中关于两年内不能在两公里内开店的条款，其法律效力需根据具体情况判断。如果该条款是双方自愿、平等协商的结果，且不违反法律法规的强制性规定，那么它可能具有一定的法律效力。但如果该条款存在显失公平、限制竞争或违反法律法规的情况，则可能被认定为无效。
详细分析：
协议自愿性与平等性：
- 协议的有效性首先取决于双方是否自愿、平等地协商并达成一致。如果离职员工是在被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签订的协议，那么该协议中的相关条款可能被视为无效。
- 在本例中，如果离职员工是在充分了解协议内容、并自愿接受相关限制的情况下签订的协议，那么该条款在协议双方之间可能具有一定的约束力。
法律法规的强制性规定：
- 协议中的条款不得违反法律法规的强制性规定。例如，如果协议中的限制条款违反了《反不正当竞争法》中关于禁止限制竞争的规定，或者违反了《劳动合同法》中关于劳动者权益保护的规定，那么该条款可能被认定为无效。
- 在本例中，需要具体审查协议中的限制条款是否违反了相关法律法规的强制性规定。如果违反了，那么该条款将不具有法律效力。
限制的合理性与必要性：
- 即使协议中的限制条款在形式上合法，也需要考虑其合理性与必要性。如果限制条款过于苛刻，或者对离职员工的就业权利造成了不合理的限制，那么该条款可能被视为显失公平，从而不具有法律效力。
- 在本例中，需要评估协议中关于两年内不能在两公里内开店的限制是否合理且必要。如果该限制对离职员工的就业权利造成了过大的影响，或者没有合理的商业理由支持，那么该条款可能被视为无效。
法律建议：
审查协议内容：
- 离职员工在签订协议前应仔细审查协议内容，特别是关于限制性条款的部分。如果对协议内容有疑问或不确定，建议咨询专业律师以获取法律意见。
评估法律效力：
- 如果已经签订了包含限制性条款的协议，离职员工可以评估该条款的法律效力。如果认为该条款可能无效或存在争议，可以寻求法律途径解决。
考虑商业合理性：
- 在签订协议时，双方应考虑限制性条款的商业合理性。如果限制条款过于苛刻或不合理，可能会引发法律纠纷并损害双方的商业关系。
总结：
协议中关于两年内不能在两公里内开店的条款，其法律效力需根据具体情况判断。离职员工在签订协议前应仔细审查协议内容，并评估该条款的法律效力。如果存在疑问或不确定，建议咨询专业律师以获取法律意见。同时，双方在签订协议时应考虑限制性条款的商业合理性，以避免可能的法律纠纷。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。