原单位以程序没走完扣留档案是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。也就是说，用人单位与劳动者解除或终止劳动关系后，有义务及时为劳动者办理档案转移手续，不能以任何理由扣留档案。即使存在所谓的“程序没走完”的情况，也不能成为扣留档案的合法依据。

从可能存在的程序问题角度

1. 如果所谓的“程序没走完”是指内部审批流程：用人单位的内部审批流程是其自身管理问题，不能将这种内部管理问题转嫁给劳动者，让劳动者承担档案被扣留的后果。劳动者已经与单位解除了劳动关系，用人单位就应当按照法律规定履行档案转移义务。
2. 如果涉及工作交接等程序：用人单位可以要求劳动者在合理期限内完成工作交接，但这与档案转移是两个不同的法律关系。用人单位不能因为劳动者未完成工作交接就扣留档案。如果劳动者未完成工作交接给用人单位造成损失，用人单位可以通过合法途径，如劳动仲裁或诉讼，要求劳动者承担赔偿责任，但不能以此为由扣留档案。

从法律后果角度

如果原单位扣留你的档案，你可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与原单位协商：首先，你可以尝试与原单位进行友好协商，说明扣留档案的违法性以及对你造成的不利影响，要求原单位尽快办理档案转移手续。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查处理，并责令用人单位限期改正。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能让你满意，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求原单位办理档案转移手续并承担因扣留档案给你造成的损失。如果对仲裁结果不服，你还可以向人民法院提起诉讼。

总之，原单位以程序没走完扣留档案的行为是不合法的，你有权通过合法途径维护自己的权益。如果你在处理过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询。