针对您提出的事业编员工长期不上班违纪违法如何处理的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，事业单位在处理长期不上班的员工时，必须严格遵循相关法律法规及单位规章制度。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条及《事业单位工作人员管理条例》第十五条的规定，事业单位有权对严重违反规章制度的员工解除劳动合同或聘用合同，特别是连续旷工超过规定天数的情形。

一、处理原则与程序

1. 法律依据：处理长期不上班的员工，首要依据是相关法律法规，确保处理措施的合法性。

2. 程序合法性：在采取任何处理措施前，单位应向员工发出书面通知，要求其解释缺勤原因，并给予合理期限进行改正。这是确保程序公正、透明的重要步骤。

二、旷工情形的具体处理

1. 一般旷工：

   • 对于初次或短期旷工者，单位应进行批评教育，并口头或书面告诫，要求其改正。
   • 经济处罚方面，可按旷工天数扣减工资、奖金等福利待遇。
   • 若连续旷工超过一定天数（如15个工作日）或一年内累计旷工超限（如30个工作日），单位可给予警告、记过、降低岗位等级、撤职或开除等处分。

2. 特殊情况：

   • 若员工因涉嫌违法犯罪被限制人身自由，单位需待司法机关最终处理结果后决定后续处理方式。有罪并受刑事处罚者，一般予以开除。
   • 若员工因患病等特殊原因无法上班，应按单位规定办理请假手续并提供相应证明。经批准后，按病假等相关规定处理；未经批准或手续不全者，仍按旷工处理。

三、考虑员工请假情况与合理需求

单位在处理长期不上班员工时，应充分考虑其是否存在合理的请假事由，如病假、事假等。同时，建立健全的请假制度，明确请假条件、程序和期限，以确保处理的公正性和合理性。

四、其他管理措施

1. 沟通协商：与员工进行沟通，了解其不上班的具体原因和困难，尝试通过协商解决问题。这有助于维护良好的员工关系，减少不必要的冲突。

2. 提供帮助：对于存在特殊情况需要单位照顾或支持的员工，单位可在合法合规前提下提供相应帮助。这体现了单位的人文关怀和责任感。

3. 加强制度建设：加强规章制度的学习和宣传，提高员工对规章制度的认识和遵守意识。这有助于预防类似问题的再次发生，维护单位的正常秩序。

综上所述，事业单位在处理长期不上班的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，同时兼顾员工的实际情况和合理需求。通过合法的程序、合理的经济处罚、必要的纪律处分以及人性化的管理措施，确保处理的公正性和有效性，维护单位的正常秩序和员工的合法权益。