关于“合作关系发工资是否合法”的问题，需要从多个角度进行分析，以下是我的详细解答：
合作关系的性质：
- 如果合作关系指的是个人之间的劳务合作或项目合作，且双方并未形成劳动关系，那么通常不会涉及工资的发放。在这种情况下，合作双方的收益分配应基于合作协议的约定，可能是按项目分成、按比例分配利润等方式。
- 如果合作关系实际上构成了劳动关系，即一方为另一方提供劳动，并接受另一方的管理和指挥，那么就有可能涉及工资的发放。此时，双方应签订劳动合同，明确工资数额、支付方式等条款。
工资发放的合法性：
- 在劳动关系中，工资是劳动者劳动收入的主要组成部分，雇主应依据法律规定或与劳动者的约定支付报酬。因此，如果合作关系构成了劳动关系，且双方有明确的工资约定，那么发放工资就是合法的。
- 如果合作关系并未构成劳动关系，或者双方没有明确的工资约定，那么发放工资就可能缺乏法律依据。此时，合作双方的收益分配应遵循合作协议的约定，而不是工资制度。
特殊情况分析：
- 在某些情况下，即使合作关系并未构成劳动关系，双方也可能约定以工资的形式进行收益分配。这种情况下，只要双方自愿且不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定就是有效的。但需要注意的是，这种约定可能并不受劳动法的保护，一旦发生纠纷，可能无法依据劳动法进行维权。
- 另外，如果合作关系中的一方是公司或其他组织，而另一方是个人，且个人为公司提供了劳动并接受了公司的管理和指挥，那么即使双方没有签订劳动合同，也可能被认定为事实劳动关系。在这种情况下，公司应依法支付工资。
法律建议：
- 对于个人之间的合作关系，建议明确合作协议的内容，包括收益分配方式、双方的权利义务等，以避免后续纠纷。
- 如果合作关系实际上构成了劳动关系，建议双方签订劳动合同，明确工资数额、支付方式等条款，以保障双方的合法权益。
- 在任何情况下，都应遵守法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益及他人的合法权益。
综上所述，合作关系发工资是否合法取决于合作关系的性质、双方是否有明确的工资约定以及是否遵守法律法规的强制性规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。