针对您提出的“公司员工卖了货偷偷扣了钱怎么办”这一问题，以下是我的详细分析和建议：

核心结论：

员工私自扣留销售货款的行为属于严重违反公司规章制度和职业道德的行为，公司有权采取相应措施进行调查和处理。

法律背景与分析：

1. 员工行为性质：

   • 员工私自扣留销售货款，无论金额大小，都构成了对公司财产权的侵犯，同时也违反了与公司的劳动合同约定以及基本的职业道德规范。

2. 公司应对措施：

   • 调查核实：公司应首先进行内部调查，核实员工是否存在私自扣留货款的行为，以及该行为的性质、金额和影响范围。
   • 收集证据：在调查过程中，公司应收集相关证据，如销售记录、货款收付凭证、员工与客户的沟通记录等，以证明员工的行为。
   • 处理决定：根据调查结果和公司规章制度，公司有权对员工进行相应的处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。若员工的行为构成犯罪，公司还应及时向公安机关报案。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工应遵守公司的规章制度和职业道德规范，不得有损害公司利益的行为。若员工违反规定，公司有权依法进行处理。
   • 同时，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工私自扣留公司货款的行为可能构成职务侵占罪或挪用资金罪等犯罪行为，将受到法律的制裁。

法律建议：

1. 加强内部管理：公司应建立健全的内部管理制度和监督机制，加强对员工行为的监督和管理，防止类似事件的发生。
2. 及时处理：一旦发现员工存在私自扣留货款的行为，公司应立即采取措施进行调查和处理，避免损失扩大。
3. 法律维权：若员工的行为构成犯罪或给公司造成重大损失，公司应及时向公安机关报案或向法院提起诉讼，维护自身的合法权益。

可能的法律后果：

• 员工可能面临公司的纪律处分，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。
• 若员工的行为构成犯罪，将受到法律的制裁，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
• 公司可能因员工的行为而遭受经济损失，包括货款损失、调查费用、法律诉讼费用等。

综上所述，针对员工私自扣留销售货款的行为，公司应采取积极措施进行调查和处理，并依法维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。