针对员工离职不来办理手续这一问题，人力资源部门需要采取一系列措施来妥善处理，以确保公司运营不受影响，并维护双方的合法权益。以下是我给出的详细建议：
一、初步沟通与提醒
发送正式通知：
- 人力资源部门应首先通过正式渠道（如邮件、书面通知等）向该员工发送离职手续办理提醒，明确告知其离职手续的办理流程、所需材料以及截止日期。
电话或面对面沟通：
- 若员工未在规定时间内回应，人力资源部门应尝试通过电话或面对面沟通的方式，进一步了解员工未办理离职手续的原因，并再次强调办理离职手续的重要性。
二、法律与制度依据
查阅劳动合同与规章制度：
- 人力资源部门应仔细查阅与该员工签订的劳动合同以及公司的规章制度，确认其中关于离职手续办理、违约责任等方面的条款，为后续处理提供法律依据。
明确法律责任：
- 根据《劳动法》及相关规定，员工离职时应办理相关手续，否则可能给公司造成经济损失，并需承担相应的赔偿责任。人力资源部门应向员工明确这一点，以促使其尽快办理离职手续。
三、采取进一步措施
发送催办函：
- 若员工仍未办理离职手续，人力资源部门可发送催办函，再次提醒员工并设定新的办理期限。同时，可告知员工若逾期未办理，公司将采取进一步措施。
暂停相关权益：
- 在员工未办理离职手续期间，人力资源部门可暂停其工资发放、社保缴纳等相关权益，以促使其尽快办理离职手续。但需注意，此措施应符合法律法规及公司规章制度的规定。
寻求法律帮助：
- 若员工仍拒绝办理离职手续，且给公司造成经济损失，人力资源部门可考虑寻求法律帮助，通过法律途径解决纠纷。
四、后续处理与预防
完善离职流程：
- 人力资源部门应借此机会完善公司的离职流程，明确各环节的责任人、办理时限及所需材料，确保未来类似情况能够得到妥善处理。
加强员工培训：
- 人力资源部门可加强员工关于离职手续办理的培训，提高员工的法律意识和责任感，减少类似情况的发生。
建立离职档案：
- 对于已办理离职手续的员工，人力资源部门应建立离职档案，记录其离职原因、办理过程及后续情况，为公司的管理提供参考。
综上所述，人力资源部门在处理员工离职不来办理手续的问题时，应采取沟通、法律与制度依据、进一步措施以及后续处理与预防等多方面的策略，以确保公司运营不受影响，并维护双方的合法权益。