公司根据劳动法第39条辞退员工并降薪，如果确实是因为员工严重违反了员工手册中的规定，那么这样的做法是合法的。下面我来详细解释一下：

首先，我们要明确《劳动合同法》第39条的规定。根据这一条款，如果劳动者存在某些严重违反用人单位规章制度的行为，用人单位是有权解除劳动合同的。这些行为包括但不限于：在试用期间被证明不符合录用条件、严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等。

现在，我们假设公司确实是因为员工严重违反了员工手册中的规定（这些规定应当是合法且经过公示的），而决定根据劳动法第39条辞退该员工。在这种情况下，公司的辞退行为是符合法律规定的。

至于降薪的部分，如果公司的员工手册或者劳动合同中有明确规定，在员工严重违规的情况下可以对其降薪，那么公司降薪的行为也是合法的。但需要注意的是，降薪必须是在合法且合理的范围内进行，不能随意降低员工的薪资。

综上所述，如果公司确实是因为员工严重违反了员工手册中的规定，而根据劳动法第39条辞退员工并降薪，那么这样的做法是合法的。但如果公司的辞退或降薪行为存在其他不合法的因素，比如没有明确的规章制度支持、没有按照法定程序进行等，那么员工是有权向相关部门投诉或寻求法律援助的。

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