针对事业副科级干部侵犯学生利益五千元的情况，处理方式主要可以从以下几个方面进行：

1. 法律责任追究：

   • 首先，该干部的行为可能构成违法，甚至犯罪。如果涉及贪污、受贿或其他职务犯罪，应由检察机关立案侦查，并根据刑法相关规定追究其刑事责任。
   • 若不构成犯罪，但违反了党纪政纪，也应由纪检监察机关介入，给予相应的党纪政纪处分。

2. 民事赔偿：

   • 受害学生有权要求该干部赔偿因其行为造成的经济损失，即五千元。这可以通过协商、调解或诉讼等方式实现。
   • 若协商不成，受害学生及其法定代理人可以向人民法院提起民事诉讼，要求赔偿。

3. 行政责任：

   • 该干部的行为若违反了行政法律法规，如滥用职权、玩忽职守等，还可能受到行政机关的行政处罚，如警告、罚款、降职、撤职等。

4. 内部处理：

   • 事业单位内部也应对该干部的行为进行严肃处理，包括但不限于警告、记过、降低岗位等级或撤职等纪律处分。
   • 同时，应加强对干部的教育和管理，防止类似事件再次发生。

综上所述，对于事业副科级干部侵犯学生利益五千元的情况，应从法律责任、民事赔偿、行政责任以及内部处理等多个方面进行综合考虑和处理。受害学生及其法定代理人应积极维护自身权益，及时寻求法律帮助，并通过合法途径追究该干部的责任。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。