针对您提出的“村干部职务侵占5000元怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际情况，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，村干部职务侵占行为的处理，主要取决于侵占行为的具体情境、涉及的主体以及数额大小等因素。就您提到的5000元这一数额而言，它并未达到职务侵占罪中“数额较大”（通常为六万元以上）的标准，因此，从刑事法律的角度来看，该行为通常不构成职务侵占罪，不会面临刑事处罚。

然而，这并不意味着村干部的这种行为可以不受任何约束或处罚。实际上，即使数额未达到刑事犯罪的标准，村干部的职务侵占行为也可能违反了党纪政纪，将受到相应的纪律处分。这些纪律处分可能包括警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等党纪处分，以及警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等政务处分。具体处分种类和程度，将根据侵占行为的性质、情节以及造成的后果等因素来综合判断。

此外，如果村干部的职务侵占行为发生在协助人民政府从事行政管理工作过程中（如农村土地征收补偿费用管理、救灾救济款物分配等），且该行为具有“情节较重”的情形（如贪污救灾、抢险等特定款物，曾因贪污受过处分，赃款用于非法活动等），那么即使数额未达三万元，也可能构成贪污罪。在这种情况下，村干部将面临有期徒刑、拘役及罚金等刑罚。不过，就您提到的5000元这一数额而言，这种情况相对较为罕见。

在实际操作中，如果发现村干部存在职务侵占行为，您可以向当地监察机关或公安机关进行举报，并提供相关线索和证据。这些机关将根据具体情况进行调查和处理，确保案件得到公正、合法的解决。同时，如果村干部的行为确实违反了党纪政纪，相关党组织或政府部门也将依法依规对其进行纪律处分。

综上所述，村干部职务侵占5000元的行为，虽然从刑事法律的角度来看通常不构成犯罪，但仍然可能受到党纪政纪的处分。因此，我建议村干部应严格遵守法律法规和党纪政纪，避免触碰法律红线。同时，对于涉嫌职务侵占的行为，应尽快向相关部门举报并提供证据，以便及时介入调查和处理。