针对科长收受贿赂5000元的处理方式，需结合我国《刑法》及相关司法解释综合判断，具体分析如下：

1. 刑事追责可能性
   根据《刑法》第三百八十五条，国家工作人员利用职务便利索取或非法收受他人财物，为他人谋取利益的，构成受贿罪。受贿罪的立案标准为3万元以上，但若存在以下情形，即使未达3万元也可能追究刑事责任：

   • 收受贿赂后多次索贿；
     
   • 为他人谋取不正当利益，造成公共财产、国家和人民利益损失；
     
   • 曾因职务违法受过处分，或拒不交代赃款赃物去向等。
     若该科长存在上述情形，即使受贿5000元也可能面临刑事追责，量刑幅度为三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

2. 党纪政务处分
   根据《中国共产党纪律处分条例》第四十条，党员干部收受可能影响公正执行公务的礼品、礼金等，情节较轻的，给予警告或严重警告处分；情节较重的，给予撤销党内职务或留党察看处分；情节严重的，给予开除党籍处分。
   即使未达刑事立案标准，该科长作为公职人员仍可能面临党内严重警告、撤职等政务处分，具体需结合其职务影响、行为后果等因素综合判定。

3. 赃款追缴与退赔
   无论是否构成犯罪，根据《刑法》第六十四条，受贿所得财物均应予以追缴或责令退赔。该科长需全额退还5000元赃款，若已挥霍或无法退还，可能面临从重处罚或强制执行。

4. 程序流程

   • 调查阶段：由纪检监察机关或检察院立案调查，收集证据（如转账记录、证人证言等）；
     
   • 处分决定：根据调查结果，由党组织或单位作出党纪政务处分；
     
   • 刑事诉讼：若构成犯罪，移送检察院审查起诉，法院依法判决。

建议：若该科长已涉及此类行为，应立即停止并主动退还赃款，配合调查以争取从宽处理。具体法律后果需结合案件细节（如是否为多次受贿、是否存在利益输送等）进一步分析，可直接向我咨询详细情况。