结论前置：未在5日前提交在职证明，单位不能单方面暂停发放竞业补偿金，除非双方协议中有明确约定且该约定合法。

分析说明：

1. 协议约定的有效性：

   • 如果竞业限制协议中明确规定了员工需每月5日提供在职证明或未参加工作的承诺书，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这一约定在法律上是有效的。
   • 然而，即使有这样的约定，单位也不能仅凭员工未按时提交证明就单方面暂停发放竞业补偿金。因为竞业补偿金的发放是单位对员工履行竞业限制义务的对价，单位应当按约履行支付义务。

2. 单位暂停发放竞业补偿金的合法性：

   • 单位要暂停发放竞业补偿金，需要有合法的理由，如员工确实违反了竞业限制协议中的其他重要条款，或者单位有证据证明员工已经从事了与竞业限制相关的竞争业务。
   • 仅仅因为员工未按时提交在职证明或承诺书，并不能构成单位暂停发放竞业补偿金的合法理由。

3. 员工的救济途径：

   • 如果单位无故暂停发放竞业补偿金，员工有权要求单位继续履行支付义务。
   • 如果单位拒绝支付，员工可以通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。

总结： 因此，未在5日前提交在职证明，单位不能单方面暂停发放竞业补偿金。如果单位以此为由暂停支付，员工应当积极维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。