劳动合同约定每日工作12小时是否合法，需根据具体情况综合判断。
首先，我国实行的是劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度（部分规定为40小时，但为统一分析，此处以44小时为准）。这是标准工时制的要求。在此制度下，劳动合同直接约定每日工作12小时显然是不合法的。
然而，也存在特殊工时制，包括不定时工作制和综合计算工时工作制。这两种工时制需要经劳动行政部门审批后方可实施。
综合计算工时工作制：在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总工时不应超过法定标准。因此，在经过审批且计算周期内总工时不超标的情况下，约定12小时工作时间可能是合法的。
不定时工作制：没有固定的工作时间限制，但企业仍需保障职工的休息休假权利。在此制度下，若用人单位能确保劳动者休息权利并得到审批，约定12小时工作时间也可能被视为合法。
另外，即使在特殊工时制下，劳动者实际工作达到12小时，其中超出正常工作时间的部分一般应认定为加班。用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，并依法支付加班工资。
综上所述，判断劳动合同约定12小时工作时间是否合法，关键在于用人单位是否依法获得相应工时制度的审批，并确保劳动者的休息休假权利不受侵害。若未经审批或未能保障劳动者休息权利，则约定每日工作12小时是不合法的。
因此，劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查工作时间条款，确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或争议，应及时向用人单位提出，并咨询专业律师以获取法律帮助。