针对您提出的“零食店被查出来过期商品，店员被扣一千块怎么处理”的问题，以下是我的建议：

1. 明确责任与合法性：

   • 首先，需要明确过期商品的出现是店员的责任还是管理层的责任，或者是供应链的问题。这有助于确定扣款的合理性。
   • 扣款作为处罚措施，需要有其合法性依据，比如公司规章制度或劳动合同中有明确规定。如果没有明确规定，扣款可能构成违法。

2. 沟通解决：

   • 店员应与上级或人力资源部门沟通，了解扣款的具体原因和依据，并表达自己的看法和情况。
   • 尝试通过协商达成共识，比如是否可以通过改进工作流程、加强培训等方式来避免类似问题再次发生，而不是直接扣款。

3. 法律途径：

   • 如果扣款没有合法依据，或者扣款金额过大，店员有权向劳动监察部门投诉，甚至提起劳动仲裁或诉讼。
   • 在此过程中，店员应保留好相关证据，如工资条、扣款通知、劳动合同等，以便在需要时提供证明。

4. 预防与改进：

   • 对于零食店来说，应建立完善的商品管理制度，定期检查商品保质期，确保不会出现过期商品。
   • 加强员工培训，提高员工对商品管理的认识和责任感。

综上所述，处理这种情况需要明确责任与合法性，通过沟通寻求解决方案，并在必要时采取法律途径维护自己的权益。同时，零食店也应从预防与改进的角度出发，避免类似问题的再次发生。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的帮助，请直接向我咨询。