在行政案件中，如果证人不配合调查，公安机关不能简单地终止调查。下面我将从法律依据和实际操作两个角度进行详细解释：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规，公安机关在办理行政案件时，有权进行调查取证，包括询问证人。但法律并未规定证人若不配合，公安机关就可以终止调查。
- 相反，法律要求公安机关应当全面、客观地收集证据，确保案件的公正处理。如果证人拒绝配合，公安机关应当采取其他合法手段继续调查，如调取监控录像、收集物证、询问其他证人等。
实际操作：
- 在实际操作中，公安机关面对证人不配合的情况，通常会采取多种措施来确保调查的顺利进行。例如，他们可能会通过说服教育、法律宣传等方式，让证人认识到配合调查的重要性，并主动提供证据。
- 如果证人仍然拒绝配合，公安机关可能会依法对其采取一些强制措施，如传唤、拘留等，以迫使其履行作证义务。但需要注意的是，这些强制措施必须在法律规定的范围内进行，且必须遵循程序正义的原则。
综上所述，公安机关在行政案件中不能因证人不配合调查而终止调查。他们应当采取积极有效的措施，继续深入调查，以确保案件的公正处理。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。