针对您提出的“工伤不认定后倒扣工资怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，公司在员工工伤后未在规定时间内申请工伤认定，以及无合法依据扣钱的行为均属于违法行为。员工在遭遇此类情况时，应积极维护自身权益。
一、关于工伤认定的申请
若公司未在规定时间内（通常为30日内）为您申请工伤认定，您有权自行收集相关材料，在事故伤害发生之日起1年内，向当地社保行政部门提出工伤认定申请。所需材料通常包括劳动关系证明、医疗机构诊断证明、事故发生证明等。
在申请工伤认定时，请确保提供的材料真实、完整，以便社保行政部门能够准确、及时地进行认定。
二、关于工资被扣的问题
对于公司无合法依据扣钱的行为，您应首先与公司进行协商，要求公司足额支付工资，并明确说明扣钱的原因。若公司无法提供合法依据或拒绝支付，您有权采取进一步措施。
若协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门在接到投诉后，会进行调查，并责令公司在规定时间内支付相应工资。若公司逾期仍不支付，劳动监察部门有权责令公司按照应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向员工加付赔偿金。
另外，您还可以选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工伤期间应得的工资以及其他相关的赔偿。在申请仲裁时，请务必准备好劳动合同、工资条、工伤认定决定书（如有）等相关证据，以证明您的诉求。
若对仲裁结果不服，您还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、总结与建议
在遇到工伤不认定且工资被扣的问题时，请保持冷静，积极收集证据，并通过合法途径维护自己的权益。
若您不熟悉相关法律程序或需要专业帮助，请咨询当地劳动监察部门、法律援助机构或专业律师，以获取更具体的法律建议和支持。
希望以上解答能够对您有所帮助。若您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。