针对“住宅小区种植菜园由哪个部门处罚”的问题，我可以明确地告诉您，这主要由城市管理综合执法部门负责处罚。以下是我对此问题的详细分析：

1. 法规依据：

   • 根据《广东省城市绿化条例》第三十三条第九项，其他破坏城市绿地及其设施和绿化植物的行为是违法的。对于此类行为，依据《条例》第四十条第一项的规定，可以处二百元以上二千元以下罚款；若导致树木死亡，还可以处每株一千元以上一万元以下罚款。
   • 另外，参考某些地方的城市综合管理条例（如《伊春市城市综合管理条例》），也明确规定了禁止在小区公共区域、绿化带及公共用地种植蔬菜，并规定了由城市管理综合行政执法部门责令改正，造成损害的还需赔偿损失并处以罚款。

2. 处罚部门：

   • 在实际操作中，如果发现有居民在住宅小区内种植菜园，破坏了绿化带或公共用地，那么城市管理综合执法部门（通常被称为城管部门）将负责对此类行为进行查处和处罚。
   • 物业管理部门虽然对小区公共区域负有管理责任，但它们在面对私搭乱建、破坏绿化等违规行为时，主要承担劝阻、制止和报告的责任，实际的处罚权仍归城市管理综合执法部门。

3. 建议：

   • 如果您所在的小区存在种植菜园等破坏绿化的行为，建议您首先向物业管理部门反映，由他们进行初步处理。
   • 如果物业管理部门处理不力或无法解决问题，您可以直接向城市管理综合执法部门举报，他们会根据相关法律法规进行查处。

综上所述，住宅小区种植菜园的行为主要由城市管理综合执法部门负责处罚。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请随时向我提问。