关于综合工时制下员工应休未休年假的计算，首先我们要明确的是，无论采用何种工时制度（标准工时、综合工时、不定时工时），员工只要连续工作满1年以上，均享有带薪年休假。这是法定权益，不受工时制度的限制。

核心结论：综合工时制员工应休未休年假的计算，与标准工时制员工相同，均按照《职工带薪年休假条例》的规定执行。

具体计算方式：

1. 年假天数的确定：

   • 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；
   • 已满10年不满20年的，年休假10天；
   • 已满20年的，年休假15天。

2. 未休年假的工资报酬：

   • 单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。

计算公式：

• 未休年假工资报酬 = 职工日工资收入 × 300% × 未休年假天数

注意事项：

• 职工日工资收入的计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（21.75天）。
• 用人单位应优先通过劳动合同或规章制度明确年休假计算方式，以避免争议。

综上所述，综合工时制下员工应休未休年假的计算，主要是根据员工的累计工作年限来确定年假天数，并按照法律规定支付未休年假的工资报酬。如有任何疑问或需要进一步了解，请直接向我咨询。