实习期间辞职公司只发底薪不发提成不合理。以下是对此问题的详细分析：
一. 提成的合法性
提成的性质：提成作为员工劳动报酬的一部分，与基本工资具有同等的法律地位。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这里的“工资”应当包括基本工资以及提成等所有劳动报酬。
实习期间的适用性：虽然实习生与正式员工在劳动关系上可能存在差异，但实习期间，实习生同样为公司提供了劳动，且双方往往有明确的约定（包括实习报酬、提成计算方式等）。因此，公司无权在实习生辞职后拒绝支付应得的提成。
二. 解决途径
协商沟通：首先，建议实习生尝试与公司进行协商，明确告知公司其行为的违法性，并要求公司按照规定支付提成。在协商过程中，可以提出《中华人民共和国劳动法》的相关规定作为依据。
申请劳动仲裁：如果协商无果，实习生可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条和第十条，提成纠纷属于劳动报酬的争议，适用劳动仲裁程序。
向劳动行政部门投诉：此外，实习生还可以依据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，向劳动保障行政部门（如劳动监察大队）投诉。劳动监察部门会对公司的行为进行调查和处理，督促公司履行支付义务。
寻求法律援助并提起诉讼：如果对仲裁结果不满或公司拒不执行仲裁裁决，实习生可以寻求法律援助，并依据《中华人民共和国劳动法》的相关规定向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
三. 法律后果
如果公司仍然拒绝支付提成，根据《劳动保障监察条例》等相关法律法规，劳动保障行政部门可以责令公司限期支付；逾期不支付的，还可以责令公司支付赔偿金。
综上所述，实习期间辞职公司只发底薪不发提成是不合理的。实习生有权要求公司支付应得的提成，并可以通过协商、申请劳动仲裁、向劳动行政部门投诉以及提起诉讼等途径维护自己的合法权益。我建议实习生在采取任何行动前，先与公司进行沟通协商，并保留好相关证据以备不时之需。