工伤认定被法院撤销的情形主要有以下几种：

1. 主要证据不足：

   • 工伤认定需要依据充分的证据来支撑。如果关键事实缺乏足够的证据支持，比如劳动关系证明材料不完整，无法有效证明劳动者与用人单位存在劳动关系，那么作出的工伤认定就很可能被法院撤销。

2. 适用法律、法规错误：

   • 在工伤认定过程中，必须准确适用工伤保险相关的法律法规条款。一旦适用错误，就会使认定结果缺乏法律依据，从而导致法院判决撤销该工伤认定。

3. 违反法定程序：

   • 工伤认定有严格的法定程序，包括告知当事人相关权利义务、进行调查取证等。如果未依法履行这些程序，比如未送达举证通知、未按规定进行调查取证，或者超出法定的工伤认定职权范围作出决定，都可能导致法院撤销工伤认定。

4. 事实不清：

   • 如果工伤认定的事实部分存在模糊不清、争议较大的情况，且没有确凿、充分的证据来证实，那么这样的工伤认定也可能被法院撤销。

5. 证据不充分：

   • 工伤认定需要依据充分的证据来作出。如果进行调查核实的材料不足以证明劳动者与用人单位之间存在劳动关系，或者不足以证明劳动者是在工作时间、工作场所因工作原因受到事故伤害，那么这样的工伤认定同样可能被法院撤销。

综上所述，工伤认定被法院撤销的情形主要包括主要证据不足、适用法律法规错误、违反法定程序、事实不清以及证据不充分等。如果工伤认定被撤销，一般会要求认定机关重新作出认定。因此，当事人在申请工伤认定时，应确保提供的证据充分、准确，并关注后续程序，积极维护自身合法权益。