结论前置：私企在资金困难时，只发员工基本工资是否合法，需根据具体情况分析。若企业与员工有明确约定，且不低于当地最低工资标准，通常合法；若无明确约定或违反相关法律法规，则可能不合法。

详细分析：

1. 合同约定与最低工资标准：

   • 若企业与员工在劳动合同中明确约定了基本工资的支付情况及标准，并且实际支付的基本工资不低于当地最低工资标准，那么企业在资金困难时只发基本工资通常是合法的。
   • 最低工资标准是法律规定的，企业支付员工工资的最低限额。若企业支付的基本工资低于这一标准，则违反法律法规，属于不合法行为。

2. 劳动法相关规定：

   • 根据《劳动法》及《劳动合同法》的规定，企业应当按时足额支付员工的劳动报酬。若企业无故拖欠或克扣员工工资，将承担法律责任。
   • 同时，这些法律也规定了员工在提供正常劳动的情况下，有权获得不低于当地最低工资标准的劳动报酬。

3. 实际情况考量：

   • 在实际操作中，若企业因资金困难确实无法按时足额支付员工全部工资，应与员工进行协商，明确告知困难情况，并寻求解决方案。
   • 若员工同意只领取基本工资以帮助企业度过难关，且这一做法不违反法律法规，那么可以视为双方达成了新的约定。

4. 法律建议：

   • 对于企业来说，应尽可能遵守劳动法律法规，确保员工的合法权益得到保障。
   • 若确实面临资金困难，应及时与员工沟通协商，寻求合法合规的解决方案。
   • 对于员工来说，若企业只发基本工资且存在违法行为，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，私企在资金困难时只发员工基本工资是否合法，需根据具体情况分析。若企业与员工有明确约定且不低于最低工资标准，通常合法；若无明确约定或违反法律法规，则可能不合法。若您或您的企业面临此类问题，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。