员工与甲公司有劳动合同，被派遣到乙公司，并由乙公司发放工资，这种情形在特定条件下是合法的。这里涉及到劳务派遣的法律关系。下面我详细为您解释：

1. 劳务派遣的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳务派遣是一种合法的用工方式。在这种方式下，员工（即被派遣劳动者）与劳务派遣单位（甲公司）签订劳动合同，然后被派遣到用工单位（乙公司）工作。
   • 劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬。

2. 工资发放的主体：

   • 在劳务派遣关系中，工资可以由劳务派遣单位（甲公司）支付，也可以由用工单位（乙公司）代为支付，但这需要在劳务派遣协议中明确约定。
   • 如果劳务派遣协议中约定由用工单位（乙公司）代为支付工资，那么乙公司发放工资是合法的。

3. 注意事项：

   • 劳务派遣单位（甲公司）和用工单位（乙公司）不得向被派遣劳动者收取费用。
   • 劳务派遣单位应当履行用人单位对劳动者的义务，包括但不限于提供劳动保护、支付加班费、缴纳社会保险等。
   • 用工单位应当履行提供工作岗位、劳动条件等义务，并按照约定向劳务派遣单位支付劳务费用。

综上所述，员工与甲公司有劳动合同，被派遣到乙公司，并由乙公司发放工资，在符合劳务派遣相关法律法规的前提下，是合法的。但具体是否合法，还需要查看实际的劳务派遣协议以及双方的具体约定。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。