敲诈勒索报警后发现和嫌疑人之间有协议，并不意味着就一定不予立案。下面我详细解释一下这个问题：
首先，敲诈勒索是一种犯罪行为，其本质是以非法占有为目的，对被害人使用实施恐吓、威胁或要挟的方法，非法占用被害人公私财物。这种行为侵犯了被害人的财产权和人身权，是法律严厉打击的对象。
其次，你和嫌疑人之间的协议，并不能成为阻却犯罪成立的理由。协议的内容、形式以及签订过程都可能存在各种问题，比如协议是否是在被胁迫的情况下签订的，协议内容是否合法，是否涉及非法利益等。这些问题都需要由司法机关进行审查判断。
具体来说：
如果协议是在敲诈勒索行为发生之前签订的，且内容合法，没有涉及非法利益，那么这份协议可能作为证据之一，用于证明你和嫌疑人之间的某种法律关系。但是，这并不能阻止司法机关对敲诈勒索行为的立案侦查。
如果协议是在敲诈勒索行为发生之后签订的，那么这份协议可能被视为是嫌疑人为了逃避法律追究而与你达成的某种“和解”。在这种情况下，协议不仅不能成为阻却犯罪成立的理由，反而可能被视为是嫌疑人犯罪后的掩饰、隐瞒行为，从而加重其刑事责任。
因此，无论你和嫌疑人之间是否存在协议，只要你认为自己的合法权益受到了侵犯，都可以向公安机关报案。公安机关会根据案件的具体情况进行立案侦查，并依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
最后，我建议你保留好所有与案件相关的证据，包括协议、聊天记录、转账记录等，以便在需要时提供给司法机关。同时，如果你对案件的处理有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。