结论：敲诈勒索5万元，即便存在协议，也有可能立案。是否立案，关键在于协议的性质、内容以及双方的行为是否符合敲诈勒索的构成要件。

分析：

1. 敲诈勒索的构成要件：

   • 敲诈勒索通常要求行为人以非法占有为目的，通过威胁、要挟等手段，迫使被害人交出财物。
   • 在敲诈勒索案件中，协议的存在并不必然排除犯罪的成立。如果协议是在威胁、要挟等非法手段下签订的，或者协议的内容本身就具有非法性（如要求支付不合理的“赔偿”或“封口费”），那么该协议可能被视为敲诈勒索的一部分。

2. 协议的性质与内容：

   • 如果协议是双方自愿、平等、公平地签订的，且内容合法，那么该协议通常不会被视为敲诈勒索的证据。
   • 如果协议是在一方受到威胁、恐吓或欺骗的情况下签订的，或者协议的内容涉及非法要求（如要求支付远超过实际损失的金额），那么该协议可能构成敲诈勒索的证据。

3. 立案的可能性：

   • 公安机关在接到敲诈勒索的报案后，会进行初步调查，包括审查协议的真实性、合法性以及双方的行为是否符合敲诈勒索的构成要件。
   • 如果公安机关认为存在敲诈勒索的嫌疑，且证据充分，那么就会立案侦查。

法律建议：

• 对于被害人：

  • 如果您认为自己遭受了敲诈勒索，无论是否存在协议，都应立即向公安机关报案，并提供相关证据（如协议、聊天记录、转账记录等）。
  • 配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，提供线索，以便公安机关能够尽快查明真相，维护您的合法权益。

• 对于涉嫌敲诈勒索的一方：

  • 如果您被指控敲诈勒索，且认为协议是合法有效的，那么您应积极配合公安机关的调查，提供协议及相关证据，证明协议的合法性和双方的真实意愿。
  • 寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。律师可以为您提供法律咨询、代理申诉、辩护等服务，帮助您应对刑事指控。

可能后果：

• 如果敲诈勒索罪名成立，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，您可能面临有期徒刑、拘役、管制或罚金等刑罚。
• 刑罚的轻重将取决于敲诈勒索的数额、情节以及您的认罪态度等因素。

总结：敲诈勒索5万元，即便存在协议，也有可能立案。是否立案取决于协议的性质、内容以及双方的行为是否符合敲诈勒索的构成要件。如果您涉及此类案件，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。