当员工实际上班却漏打卡时，公司应首先确认员工的实际出勤情况，并依据公司现有的考勤管理制度和流程来处理。以下是一些建议的步骤：

1. 核实出勤情况：

   • 可以通过监控记录、同事证明、工作任务完成情况等多种方式来确认员工是否确实出勤。
   • 如果公司有电子门禁系统或类似的出勤记录设备，也可以查看这些设备的记录来辅助确认。

2. 与员工沟通：

   • 在确认员工实际出勤后，应与员工进行及时沟通，了解其漏打卡的具体原因。
   • 提醒员工注意遵守公司的考勤制度，并告知其漏打卡可能会带来的影响，如影响工资发放、绩效考核等。

3. 根据考勤制度处理：

   • 如果公司的考勤制度中有关于漏打卡的具体处理规定，应按照制度执行。
   • 例如，有些公司可能规定漏打卡需要员工提交书面的情况说明，或者由直接上级签字确认其出勤情况。

4. 灵活处理：

   • 考虑到员工可能因特殊情况（如紧急事务、设备故障等）而漏打卡，公司可以视情况给予一定的宽限和灵活处理。
   • 例如，可以允许员工在一定时间内补交打卡记录，或者由上级主管确认其出勤后不进行处罚。

5. 完善考勤制度：

   • 如果这次漏打卡事件暴露出公司考勤制度存在的问题或不足，公司应考虑对制度进行修订和完善。
   • 例如，可以优化打卡设备、增加打卡提醒功能、明确漏打卡的处理流程等。

6. 记录并跟踪：

   • 对于员工的漏打卡情况，公司应做好记录并跟踪处理结果。
   • 这有助于确保考勤管理的公正性和透明度，也有助于后续对员工出勤情况的统计和分析。

综上所述，当员工实际上班却漏打卡时，公司应首先核实出勤情况，与员工沟通并了解其漏打卡的原因，然后根据公司的考勤制度进行灵活处理。同时，公司也应考虑完善考勤制度以避免类似情况的再次发生。