食品过期公司罚店长1000元是否违法，取决于多个因素，包括公司是否有相关规章制度、罚款行为是否经过合法程序、罚款金额是否合理等。下面我将从几个角度进行详细分析：
公司规章制度：
- 如果公司在其规章制度中明确规定了食品过期时店长的责任及相应的罚款措施，并且这些规章制度是合法制定且公示过的，那么公司依据规章制度对店长进行罚款，在一般情况下是合法的。
- 但如果公司没有相关规章制度，或者规章制度中未明确规定此类罚款，那么公司对店长进行罚款就可能构成违法行为。
罚款程序：
- 即便公司有相关规定，罚款行为也需要遵循一定的程序。例如，可能需要事先通知店长、给予店长申辩的机会、确保罚款决定的公正性等。
- 如果公司未按照规定的程序进行罚款，那么罚款行为同样可能构成违法。
罚款金额：
- 罚款金额也需要考虑是否合理。如果罚款金额过高，超出了店长应承担的责任范围，或者与公司规章制度中规定的罚款金额不符，那么罚款行为也可能被视为违法。
法律约束：
- 在劳动关系中，用人单位对劳动者的罚款行为受到法律的严格约束。如果公司的罚款行为违反了相关法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等，那么罚款行为就是违法的。
综上所述，食品过期公司罚店长1000元是否违法，需要综合考虑多个因素。如果公司有合法制定的相关规章制度、遵循了规定的罚款程序、罚款金额合理且未违反相关法律法规，那么罚款行为在一般情况下是合法的。反之，如果公司未满足上述条件之一或多项，那么罚款行为就可能构成违法。因此，建议公司在对店长进行罚款前，务必确保自身行为的合法性和合规性。如果店长对公司罚款行为有异议，可以向我咨询，我会根据具体情况提供进一步的法律建议。