在合同约定六天制工作制度的情况下，加班工资的核算主要依据劳动合同中约定的薪资以及相关的法律法规。以下是具体的核算方法：
一、加班工资基数的确定
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了月薪资数额，该数额即作为加班工资的计算基数。
- 如果劳动合同中的工资项目细分为基本工资、岗位工资、职务工资等，那么这些工资的总和应作为加班工资的计算基数，而不是单独以其中一项作为基数。
实际工资：
- 当劳动合同中没有明确约定工资数额，或约定不明确时，应以实际工资作为加班工资的计算基数。
- 实际工资包括用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等，但应扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等不属于工资总额的部分。
二、加班工资的计算
延长工作时间：
- 如果用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
休息日工作：
- 如果用人单位依法安排劳动者在休息日工作，且不能安排补休，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班工资。
法定休假日工作：
- 如果用人单位依法安排劳动者在法定休假日工作，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
三、其他注意事项
日/小时平均工资的折算：
- 在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应按照每月工作时间21.75天和174小时进行折算。
当月奖金的考虑：
- 如果劳动者的当月奖金具有“劳动者正常工作时间工资报酬”性质，应将其纳入加班费计算基数。
计件工资制：
- 对于实行计件工资的劳动者，应以法定时间内的计件单价为加班工资的计算基数，并参照上述原则支付加班工资。
最低工资标准：
- 如果加班工资的计算基数低于当地当年的最低工资标准，应以最低工资标准为基数。
综上所述，在合同约定六天制的情况下，加班工资的核算应严格遵循劳动合同中的约定以及相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。