针对您提出的“在一个单位两个部门上班怎么赔偿”的问题，首先我们需要明确几个关键点：您与单位之间的合同关系、辞退的具体情况以及可能涉及的法律法规。

1. 合同关系分析：

   • 如果您与单位签订了两份合同，分别对应两个部门的工作，那么您需要仔细查看这两份合同中关于工作岗位、职责、薪酬以及解除合同的条款。
   • 如果两份合同中都明确规定了当某个部门的工作不再需要时，单位有权解除该部分的合同，并且没有提及赔偿，那么单位在按照合同规定解除您在一个部门的工作时，可能不需要支付赔偿。

2. 辞退情况分析：

   • 如果单位是因为业务调整、部门撤销等正当理由辞退您在一个部门的工作，并且符合合同中的规定，那么您可能难以主张赔偿。
   • 但如果单位的辞退行为违反了合同中的规定，或者没有合理的解释和依据，那么您有权要求单位支付赔偿金。

3. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，单位在解除劳动合同时需要遵循一定的程序和规定。
   • 如果单位的辞退行为违反了法律法规，您可以通过劳动监察、劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。

4. 建议措施：

   • 首先，建议您与单位进行沟通，了解辞退的具体原因和依据，并查看合同中关于此方面的规定。
   • 如果认为单位的辞退行为不合理或违法，您可以向当地的劳动监察大队或劳动局举报，并申请调解或劳动仲裁。
   • 在整个过程中，建议您保留好所有相关的证据，如合同、工资单、辞退通知书等，以便在需要时提供证明。

综上所述，关于赔偿的问题需要根据您的具体情况和合同内容来判断。如果单位的辞退行为符合合同规定且没有违反法律法规，那么可能不需要支付赔偿；但如果单位的辞退行为存在问题，您有权要求单位支付相应的赔偿金。在处理此类问题时，建议您保持冷静、理性，并寻求专业的法律帮助。