当员工在同一个单位发生两次工伤时，其赔偿问题确实需要结合工伤保险法规及具体案情来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿原则与标准
一次性伤残补助金：
- 如果员工在同一单位连续工作期间多次发生工伤，且每次工伤都符合《工伤保险条例》规定的领取条件，那么应按照其最高伤残级别来计发一次性伤残补助金。例如，若员工先后被鉴定为十级、九级、八级伤残，则按照八级伤残的标准（通常为11个月的本人工资，具体标准可能因地区而异）来计发。
一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：
- 当员工与用人单位解除或终止劳动关系时，应根据劳动能力鉴定委员会鉴定的最高伤残等级，分别计发一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。这两项待遇的具体标准由各省、自治区、直辖市人民政府规定，通常与统筹地区上年度职工月平均工资挂钩。
其他待遇：
- 对于每次工伤所产生的医疗费、停工留薪期工资、护理费等费用，用人单位和工伤保险基金都应按照规定予以支付。医疗费按实际支出报销，包括康复费用；停工留薪期工资标准为原工资福利待遇不变；护理费则根据员工的实际需要和护理等级来确定。
二、赔偿处理流程
工伤认定：
- 每次工伤发生后，员工都需要向当地的劳动保障行政部门提交工伤认定申请，并提供相关证据材料，如医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等。工伤认定是享受工伤保险待遇的前提，且每次工伤均需单独申请认定。
劳动能力鉴定：
- 每次工伤对应独立鉴定结论。如果员工存在多处伤残，劳动能力鉴定委员会会按照晋级原则确定最终等级。例如，如果员工双眼受伤导致不同等级伤残，可能会取较高等级上浮一级。
赔偿计算：
- 根据工伤认定和劳动能力鉴定的结果，计算每次工伤的赔偿金额。这包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金等。如果员工与用人单位解除或终止劳动关系，还需要计算一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
三、特殊注意事项
单位责任强化：
- 如果用人单位未依法为员工参加工伤保险，那么需要全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
民事索赔路径：
- 如果工伤是由第三方侵权造成的，员工可以主张双重赔偿。但需要注意的是，医疗费等直接损失不得重复受偿。
程序衔接要点：
- 劳动仲裁时效为1年，员工需要在规定时间内提出仲裁申请。同时，员工可以同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿，但需要遵循不同的程序和规定。
四、实际案例参考
假设某员工在同一单位先后发生两次工伤，第一次导致十级伤残，第二次导致八级伤残。那么，在赔偿时：
- 一次性伤残补助金将按照八级伤残的标准来计发。
- 如果员工与用人单位解除或终止劳动关系，将根据八级伤残的标准来计发一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
- 每次工伤的医疗费、停工留薪期工资等费用将分别计算并支付。
综上所述，对于在同一用人单位多次发生工伤的员工而言，其赔偿方式需综合考虑多次工伤的伤残等级、赔偿项目以及相关法律法规的规定。在赔偿过程中，应遵循独立赔偿原则，确保每次工伤都能得到应有的补偿。同时，员工也应积极寻求专业帮助并保留好相关证据，以维护自己的合法权益。