法院给单位发协助执行通知扣工资是合法的。下面我从法律角度为您详细解释：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十七条，有义务协助调查、执行的单位，在接到人民法院协助执行通知书后，必须履行协助义务。如果拒不协助查询、扣押、冻结、划拨、变价财产，或者拒不协助扣留被执行人的收入等，人民法院除责令其履行协助义务外，并可以予以罚款。情节严重的，甚至可能被追究刑事责任。
- 《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》第二十九条也明确规定，被执行人在有关单位的收入尚未支取的，人民法院应当作出裁定，向该单位发出协助执行通知书，由其协助扣留或提取。
实际执行过程：
- 当法院向单位发出协助执行通知书，要求单位扣留被执行人的部分工资时，单位必须按照通知要求执行。这是法院的法定权力，也是单位应尽的法定义务。
- 如果单位未经法院同意，擅自将被执行人的工资发放给其本人，那么单位将承担相应的法律责任。法院有权责令单位限期追回已发放的工资，并可能对其采取罚款、拘留等惩戒措施。
案例分析：
- 以永川法院办理的一起案件为例，被执行人曾某在某公司工作，法院向公司送达了执行裁定书和协助执行通知书，要求公司扣留曾某的部分收入。但公司未经法院同意，擅自将应扣留的款项发放给了曾某。最终，法院向公司发出了代为支付裁定书，责令公司在应付款的限额内代曾某向申请人支付欠款。这充分说明了法院给单位发协助执行通知扣工资的合法性。
综上所述，法院给单位发协助执行通知扣工资是合法的，这是法院的法定权力和单位的法定义务。如果单位不履行协助义务，将面临相应的法律责任。因此，当单位收到法院的协助执行通知书时，应当积极履行协助义务，确保法院的判决得到有效执行。