针对您提出的问题“单位申请的工伤认定两年半后，单位已经赔偿各项费用，哪些主体可以推翻”，以下是我的详细解答：
结论：在工伤认定已经作出且单位已经赔偿各项费用的情况下，要推翻这一认定通常涉及复杂的法律程序和严格的条件限制。一般来说，能够推翻工伤认定的主体主要包括工伤认定机构、用人单位、劳动者以及相关的利害关系人，但他们都必须在法定期限内，基于新的事实或证据提出异议或申请复议。
工伤认定机构：
- 工伤认定机构在发现原认定有误或新证据出现时，可以主动或依申请对原认定进行更正或撤销。但这通常需要在法定的期限内进行，且必须有充分的事实和法律依据。
用人单位：
- 用人单位对工伤认定结果有异议的，可以在收到认定决定之日起一定期限内（如15日内，具体根据当地规定）向作出认定的机构或其上一级机构申请复议，或提起行政诉讼。但用人单位需要承担提供新证据或指出原认定错误的责任。
劳动者：
- 劳动者同样可以对工伤认定结果提出异议，尤其是当认为自己的工伤未被正确认定或赔偿标准不合理时。劳动者可以通过申请复议、提起行政诉讼或民事诉讼等途径来维护自己的权益。
相关的利害关系人：
- 除了直接涉及的用人单位和劳动者外，其他与工伤认定结果有利害关系的主体（如工伤保险机构、其他相关责任人等）也可能在特定情况下提出异议或申请复议。
重要提示：
- 推翻工伤认定并非易事，需要满足严格的法律条件和程序要求。因此，在考虑推翻工伤认定之前，建议相关主体仔细研究相关法律法规和政策规定，并咨询专业律师的意见。
- 工伤认定的时效性和程序性要求非常重要。错过法定期限或未按照法定程序提出异议的，可能会导致异议无效或丧失相关权利。
如果您或您所在单位对工伤认定结果有异议，或需要进一步的法律咨询和帮助，请随时向我提问。我作为专业律师，将竭诚为您提供专业的法律服务和支持。