企业以造成损失为由扣加班费是不合法的。

首先，从法律角度来看，《劳动法》及《劳动合同法》均明确规定，劳动者提供正常劳动后，用人单位应当支付相应的劳动报酬，这包括基本工资、加班费等。加班费是劳动者在法定工作时间外提供劳动所获得的报酬，是劳动者合法权益的一部分。

其次，企业以造成损失为由扣除加班费，实际上是将劳动者的合法权益与企业的经营风险相挂钩，这是不合理的。劳动者的加班费是其提供额外劳动所获得的报酬，与企业是否遭受损失无关。企业如果因为劳动者的某种行为遭受了损失，应当通过合法的途径来追究劳动者的责任，比如通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等方式，而不是直接扣除劳动者的加班费。

最后，如果企业确实因为劳动者的行为遭受了损失，并且想要追究劳动者的责任，那么应当依据相关的法律法规和劳动合同的约定来进行。比如，如果劳动合同中明确规定了劳动者因违反工作纪律或操作规程给企业造成损失需要承担赔偿责任的，那么企业可以依据劳动合同的约定来要求劳动者赔偿损失。但是，这并不能成为企业扣除劳动者加班费的理由。

综上所述，企业以造成损失为由扣加班费是不合法的。如果劳动者遇到这种情况，可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等方式来维护自己的合法权益。