当员工的银行卡被法院冻结后，单位确实可以选择以现金形式发放工资，但这一操作需要确保合法合规，并伴随一系列必要的步骤和注意事项。
首先，从合法性角度来看，单位支付工资是其对员工的法定义务，而法院冻结银行卡只是限制了该账户的资金流动，并不影响单位履行支付工资义务的方式。现金支付作为合法的工资支付方式之一，只要单位遵循相关的财务制度、劳动法律法规等规定，就可以采用。
在实际操作中，单位需要遵循以下步骤来确保现金发放工资的合法性和合规性：
准确核算工资数额：确保发放的工资数额与员工应得工资一致，避免任何误差。
依法代扣代缴相关税费：按照国家规定代扣代缴个人所得税等税费，确保税务合规。
确保财务记录的准确性和合规性：制作详细的工资发放记录，包括员工姓名、工资数额、发放日期等，并由员工签收确认。这些记录应妥善保存，以备日后可能的审计或查询。
对于员工而言，也需要注意以下几点：
妥善保管现金工资：现金工资一旦发放，即成为员工的个人财产，应妥善保管，避免丢失或被盗。
了解现金工资的法律地位：虽然现金工资属于个人财产，但在某些法律规定的情况下，如员工存在债务纠纷，这部分工资也可能被用于偿还债务。
此外，除了现金发放外，单位还可以考虑其他替代方案来发放工资，如员工提供一张未被冻结的银行卡账号，或者通过合法的第三方支付平台（如支付宝、微信钱包等）发放工资。这些方式同样需要确保资金流转的合法性和安全性，并遵循相关税务和财务规定。
最后，需要特别注意的是，银行卡被冻结通常涉及法律纠纷或违规行为等，员工应尽快解决银行卡冻结的问题，以恢复正常的工资收付模式。同时，单位也应关注员工的实际情况，提供必要的帮助和支持。
综上所述，当员工的银行卡被法院冻结时，单位可以灵活选择以现金或其他合法方式发放工资，但务必确保操作的合法性和合规性，维护双方的合法权益。