公司部门内部仓管员调备料员协商不同意，原岗位出勤不发工资是不合法的。

首先，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。劳动者在原岗位上出勤，即按照劳动合同的约定提供了劳动，用人单位就应当支付相应的工资。

其次，即使用人单位希望调整劳动者的工作岗位，也应当与劳动者进行协商，并达成一致意见。如果劳动者不同意调整工作岗位，用人单位不能单方面强制调整，更不能因此不发工资。

最后，如果用人单位因为劳动者不同意调整工作岗位而拒绝支付工资，劳动者可以通过劳动争议仲裁、诉讼等方式来维护自己的合法权益。

综上所述，公司部门内部仓管员调备料员协商不同意，原岗位出勤不发工资是不合法的。如果遇到这种情况，劳动者可以依法维权。