迟到几次，用人单位扣除绩效工资是否合理，并非一概而论，而是取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法扣除的情况：

   • 用人单位依法制定的规章制度中，必须明确将迟到行为与绩效工资挂钩，并详细规定扣减办法。该规章制度还需通过民主程序制定，并已向劳动者公示或告知。例如，公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定已按程序制定并公示，则此规定有效。
   • 劳动合同中有关于迟到与绩效工资关系的明确条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定。
   • 扣除绩效工资的幅度必须合理，不得损害劳动者的基本权益。

2. 不合法扣除的情况：

   • 若用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力。
   • 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，则用人单位不得随意扣除。
   • 即使规章制度或劳动合同中有规定，但如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。

3. 员工权益保护：

   • 如果劳动者认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
   • 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，迟到几次用人单位扣除绩效工资是否合理，取决于用人单位的规章制度是否合法、合理，以及劳动合同中是否有明确约定。只有在符合法律法规和合同约定的情况下，用人单位才能依法扣除员工的绩效工资。如果劳动者对此有异议，应通过与用人单位沟通、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。