员工迟到次数多，在一定条件下可以扣工资，但必须符合法律法规和企业规章制度的规定。具体分析如下：

一. 合法规章制度是扣款的前提

1. 规章制度的制定与公示：根据相关法律法规，用人单位的规章制度必须内容合法、程序合法。即规章制度需经过职工讨论（或工会、职工代表协商）等民主程序制定，并向员工公示或告知。若规章制度未经此程序，或未向员工公示/告知，则用人单位无权以迟到为由扣工资。
2. 扣款标准的明确性：规章制度中应明确规定迟到扣工资的具体要求、标准及扣款方式，扣款方式、金额需合理合法，以确保扣款行为的透明性和公正性。

二. 扣款金额与合理性

1. 扣款上限：根据《工资支付暂行规定》第十六条，即使职员迟到，用人单位扣除的工资也不得超过其当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
2. 经济损失的考量：根据《工资支付暂行规定》第十六条，原则上，若职员的迟到行为并未给用人单位造成经济损失，用人单位不应随意扣款。只有在职员因迟到等原因给用人单位造成实际经济损失时，用人单位才有权按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除，但仍需遵循扣款金额合理的原则。

三. 特殊情况的灵活处理

• 对于因不可抗力因素导致的迟到，如自然灾害、交通事故等，公司一般不应扣工资。
• 对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式，而非直接扣款。

四. 员工权益保护

• 如果员工认为公司的迟到罚款不合理或未按规定程序制定，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

综上所述，员工迟到次数多，用人单位在符合法律法规和企业规章制度的前提下，可以合理扣款。但应确保规章制度的合法性、有效性和公开性，扣款行为需遵循法律法规的规定，并确保扣款金额的合理性和扣款方式的透明性。同时，员工也应了解并遵守相关规章制度，避免迟到等行为导致工资被扣。如有进一步需要，您可以继续咨询我。