公司发工资时扣除企业所得税是不合法的。企业所得税是公司应当承担的税负，不应从员工的工资中扣除。下面我将从合法扣工资的情形、税费的正确扣除方式，以及员工的维权途径三个方面进行详细说明。

一、合法扣工资的情形

公司合法扣工资的情形主要包括代扣个人所得税、社会保险费用等，具体如下：

1. 代扣个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，用人单位有义务从员工工资中代扣代缴个人所得税。
2. 代扣社会保险费用：包括养老保险、医疗保险、失业保险等，这些费用由用人单位和个人共同承担，单位有权从员工工资中代扣个人应缴纳的部分。

此外，还包括法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等，以及因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿等合法扣工资情形。但这些均与企业所得税无关。

二、税费的正确扣除方式

公司发放工资时，主要应扣除的税费是个人所得税，而非企业所得税。个人所得税的扣缴方式如下：

• 采用累计预扣法，按月计算应纳税额。
• 公式为：本期应预扣税额 = (累计收入 - 累计免税额 - 累计专项扣除等) × 税率 - 速算扣除数 - 已预扣税额。

同时，公司还可能代扣社会保险费和住房公积金等，但这些均不属于企业所得税的范畴。

三、员工的维权途径

如果公司错误地从员工工资中扣除了企业所得税，员工可以采取以下维权途径：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，了解扣工资的原因和依据，要求用人单位纠正错误。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其对用人单位的违法行为进行调查和处理。
3. 申请劳动仲裁：对于劳动监察部门的处理结果不满意或用人单位拒不改正的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
4. 提起诉讼：如果对仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。

综上所述，公司发工资时扣除企业所得税是不合法的。员工应了解自己的合法权益，并在遇到类似情况时采取适当的维权措施。如有其他法律问题，欢迎随时向我咨询。