公司收到催收员工的短信，应首先判断短信内容是否涉及公司的法律责任，然后依据相关法律法规和公司内部规定，采取相应措施。以下是具体的处理步骤：
一. 判断短信内容
- 核查短信真实性：公司应首先核实短信的真实性，包括发送号码、短信内容以及是否与公司有相关的债权债务关系。
- 区分短信性质：判断短信是合法的催收提醒还是非法的威胁、恐吓信息。合法催收一般会明确表明身份，内容主要围绕提醒员工还款、告知逾期后果等。
二. 依据法律法规和公司规定处理
若短信内容合法：
- 与员工沟通：公司可与员工进行沟通，了解其经济状况、还款困难以及还款意愿，并提醒员工按照约定履行还款义务。
- 提供协助：如果员工确实存在还款困难，公司可根据实际情况提供必要的协助或建议，如分期还款、调整还款计划等。
若短信内容非法：
- 明确态度：公司应向发送方明确表明态度，要求其立即停止威胁行为，并告知对方这种行为可能涉及违法，公司将保留追究其法律责任的权利。
- 保护员工权益：公司应加强对员工的保护，确保员工的人身安全和合法权益不受侵犯。如果员工因非法催收受到骚扰或威胁，公司应提供必要的支持和帮助。
- 及时报警：如果威胁短信内容涉及严重的暴力威胁、人身伤害等违法犯罪行为，公司应根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十二条的规定，及时向当地公安机关报案，并提供相关证据。
三. 加强内部管理和预防
- 完善制度：公司应完善内部管理制度，明确员工借款、还款等相关规定，加强财务管理和风险控制。
- 加强培训：公司应加强对员工的法律意识和风险防范培训，提高员工对非法催收行为的识别和应对能力。
综上所述，公司收到催收员工的短信时，应冷静分析、判断短信内容，并依据法律法规和公司规定采取相应措施。同时，公司应加强内部管理和预防，确保员工的合法权益和公司的正常运营不受影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。