机关单位超过1000元不能用现金的法律依据主要是《现金管理暂行条例》第五条。

一. 《现金管理暂行条例》的相关规定

根据《现金管理暂行条例》第五条，开户单位（包括机关单位）可以在下列范围内使用现金：

1. 职工工资、津贴；
2. 个人劳务报酬；
3. 颁发给个人的各种奖金；
4. 各种劳保、福利费用以及国家规定的对个人的其他支出；
5. 向个人收购农副产品和其他物资的价款；
6. 出差人员必须随身携带的差旅费；
7. 结算起点以下的零星支出；
8. 中国人民银行确定需要支付现金的其他支出。

同时，该条例明确规定前款结算起点定为1000元。也就是说，对于超过1000元的支付，原则上应通过银行转账方式进行，而不是使用现金。

二. 对机关单位现金支付的具体限制

1. 超过结算起点的支付限制：根据《现金管理暂行条例》第六条，除特定情形（如向个人收购农副产品和其他物资的价款、出差人员必须随身携带的差旅费等）外，开户单位支付给个人的款项，超过使用现金限额的部分，应当以支票或者银行本票支付。确需全额支付现金的，必须经过开户银行审核后，方可予以支付。

2. 大额现金备案制度：对于超过金额起点的大额现金支付，单位需随时报告、登记，并向县人民银行备案。这一制度有助于加强对大额现金支付的监管，防止洗钱、贪污等违法行为的发生。

三. 违反规定的法律责任

虽然《现金管理暂行条例》并未直接规定对违反大额现金支付规定的机关单位的具体处罚措施，但相关行为可能触犯《财政违法行为处罚处分条例》等规定，导致责令改正、追回有关款项、限期调整有关预算科目和预算级次等行政责任。同时，严重违反现金管理规定的行为还可能构成刑法上的相关犯罪，如挪用公款罪等，从而需要承担刑事责任。

我的观点：机关单位超过1000元不能用现金的规定是出于反洗钱、防止贪污挪用公款等违法行为的考虑，是维护国家金融秩序和资金安全的重要举措。因此，机关单位应严格遵守这一规定，确保资金使用的合法性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。