工资用现金发放高于1000元是合理的，但需满足一定条件。以下从多个角度进行分析：
法律层面
支付方式合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资支付方式并未明确限制必须采用银行转账等非现金方式。因此，用人单位选择用现金发放工资，并不违反法律规定。
工资数额合法性：
- 工资数额的合理性主要取决于是否达到当地最低工资标准，以及是否与劳动者的工作内容、工作量、工作技能等相匹配。只要工资数额不低于当地最低工资标准，且双方协商一致，用现金发放高于1000元的工资是合法的。
税务合规性：
- 用人单位在发放现金工资时，需确保依法履行纳税义务，包括代扣代缴个人所得税等。如果用人单位未依法纳税，则可能面临税务处罚，但这与工资发放方式（现金或转账）无直接关系，而是与税务合规性有关。
实际操作层面
现金发放的便利性：
- 对于一些小型企业或个体工商户，现金发放工资可能更为便利，尤其是当劳动者没有银行账户或银行账户使用不便时。在这种情况下，现金发放工资是一种合理的选择。
现金发放的风险：
- 现金发放工资也存在一定风险，如易丢失、被盗、被冒领等。因此，用人单位在采用现金发放工资时，需加强管理，确保工资安全发放到劳动者手中。
劳动者权益保护：
- 无论采用何种支付方式，用人单位都应确保劳动者的合法权益得到保护。这包括按时足额支付工资、提供工资清单、保障劳动者对工资发放情况的知情权等。
特殊情况考虑
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了工资支付方式（如银行转账），则用人单位应遵守约定，不得擅自改变支付方式。但若双方协商一致，可以变更支付方式。
- 在某些特殊情况下（如自然灾害、突发事件等），导致银行转账等非现金支付方式无法正常使用时，用人单位可以临时采用现金发放工资。但需在情况恢复正常后，及时恢复原支付方式或与劳动者协商确定新的支付方式。
总结与建议：
工资用现金发放高于1000元本身并不违法，但需满足法律层面的要求（如不低于最低工资标准、依法纳税等）和实际操作层面的便利性、安全性等考虑。建议用人单位在采用现金发放工资时，加强管理、确保合规，并与劳动者充分沟通、协商一致。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。