保安巡逻不到位造成公司财产损失，直接扣除三个月全勤并不一定合理。针对这一问题，我们需要从以下几个方面进行分析：

一. 扣除全勤的合法性

1. 劳动合同约定：首先，要查看劳动合同中是否有关于此类情况的明确约定。如果合同中规定了因保安巡逻不到位导致财产损失可以扣除全勤，且该规定不违反法律法规，那么公司有权按照约定执行。
2. 规章制度规定：其次，公司规章制度中是否对此有相关规定，并且该规章制度已经过民主程序制定，且向员工公示或告知。如果满足这些条件，公司也可以依据规章制度进行处罚。

二. 扣除全勤的合理性

1. 损失程度与处罚匹配：即便劳动合同或规章制度中有相关规定，扣除三个月全勤作为处罚是否过重，也需要考虑实际损失的大小、保安的过错程度以及平时的工作表现等因素。如果损失较小，而处罚过重，显然不合理。
2. 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，扣除三个月全勤可能超出法律规定的限额。

三. 建议做法

1. 明确约定：建议公司在劳动合同或规章制度中明确约定因保安巡逻不到位导致财产损失的处罚措施，并确保该约定合法、合理。
2. 合理处罚：在处罚时，应综合考虑损失大小、过错程度等因素，确保处罚的合理性。
3. 沟通协商：在扣除全勤前，建议公司与保安进行沟通协商，听取其意见和申辩，确保处罚的公正性。

综上所述，直接扣除三个月全勤并不一定合理，公司应依据劳动合同、规章制度以及法律规定进行处罚，并确保处罚的合法性、合理性和公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。